1.1 采樣新鮮
采樣原則主要是樣品新鮮、有代表性。盡量避免在發病后期采樣。在不能確定發某種病的情況下，病料的選擇要全面。如果從死亡動物尸體上采集樣本要注意死亡時間：夏天應少于6h，冬天最長不能超過24h。
1.2 防污消毒
減少污染，做尸體剖檢時，應將尸體浸泡在消毒液中，防止羽毛、皮屑飛揚對病料造成污染。
1.3 及時采樣
尸體剖開腹腔時，應第一時間采集病料，因腸道和空氣中的微生物都可能污染病料，難以確診。
1.4 無菌操作
病料采集時，對采集病料的器械及容器必須提前消毒，以免對病料造成污染。
1.5 處理規范
采樣、剖檢完畢后對解剖場地及尸體要進行徹底消毒，不能造成二次散毒。病料采集后，應先存放于冰箱1-2小時后，再做微生物檢驗。
病料采集方法
2.1 組織和實質器官的采集
在選擇樣品采集部位時，最好采集病變和健康交界部位的組織或臟器。病料的采集必須采用無菌操作。剖開腹腔后，必須注意腸管的完整。如需進行細菌的分離培養，所采集的部位要保持其完整性，便于能夠無菌分離。
組織樣品
2.2 液體病料的采集
血液、膽汁、膿腫液、滲出物等液體病料，使用滅菌吸管或注射器，經燙烙部位吸取病變組織的液體，將病料注入滅菌的試管中，封口后送檢。拭子的采集主要包括:
A：泄殖腔拭子（家禽）
B：拭子（家禽）
C：鼻拭子（家畜）
D：肛拭子（家畜）
E: 陰道拭子（家畜）
用無菌棉簽伸入體腔內采集深部樣品，進行細菌學、病毒學檢測。
2.3 血清的采集方法
A: 用滅菌注射器自雞的心臟或翅靜脈采血2毫升，注入滅菌離心管中擺成斜面，待血液凝固血清析出后，將血清吸出注入另一個滅菌離心管中，備用。
B:豬的靜脈和動脈不容易接觸到,血樣采集有一定難度。臨床上為保證采血速度和采血量，主要采用頸靜脈和前腔靜脈采血。針對不同大小的豬應采用較合適的采血方法：仔豬或保育豬采用前腔靜脈采血，母豬和中大豬采取耳靜脈或頸靜脈采血。
2.4腸道及腸內容的采集方法
A:腸道：選擇病變明顯部位的腸道，將內容物用滅菌生理鹽水沖洗干凈，然后將病料放入盛有滅菌的30%甘油鹽水緩沖液中送檢。亦可將腸管切開，用滅菌生理鹽水沖洗干凈，然后用燒紅的手術刀片燙烙粘膜表面，將接種針插入粘膜層，取少量病料接種于培養基上。
B:腸內容：用燒紅的手術刀片燙烙腸道漿膜層，將接種針插入腸道內，吸取少量腸內容，放入試管中或將帶有腸內容的腸道兩端扎緊，去掉其它部分送檢。
2.5 皮膚及羽毛的采集
A:皮膚要選病變部位的邊緣，采取少許放入滅菌試管中送檢；
B:羽毛也要選病變明顯部分，用滅菌的刀片刮取羽毛及根部的少許皮屑，放入滅菌的試管中送檢；
C:孵化室的絨毛：用滅菌鑷子采取出風口的絨毛3-5克，放入滅菌的試管中送檢。